Skip to main content
Planteome
Home
About
Ontologies
Browse
Tools
Glossary
Request Terms
Documents
Publications
News/Blog
Outreach
Collaborations
Advisory Board
Internal
License
CyVerse mirror
You are here
Home
Publications
Found 53 results
Filters:
Author
is
Jaiswal, Pankaj
[Clear All Filters]
2023
S. A. Aleksander
,
Balhoff, J.
,
Carbon, S.
,
J Cherry, M.
,
Drabkin, H. J.
,
Ebert, D.
,
Feuermann, M.
,
Gaudet, P.
,
Harris, N. L.
,
Hill, D. P.
,
Lee, R.
,
Mi, H.
,
Moxon, S.
,
Mungall, C. J.
,
Muruganugan, A.
,
Mushayahama, T.
,
Sternberg, P. W.
,
Thomas, P. D.
,
Van Auken, K.
,
Ramsey, J.
,
Siegele, D. A.
,
Chisholm, R. L.
,
Fey, P.
,
Aspromonte, M. Cristina
,
Nugnes, M. Victoria
,
Quaglia, F.
,
Tosatto, S.
,
Giglio, M.
,
Nadendla, S.
,
Antonazzo, G.
,
Attrill, H.
,
Santos, G. Dos
,
Marygold, S.
,
Strelets, V.
,
Tabone, C. J.
,
Thurmond, J.
,
Zhou, P.
,
Ahmed, S. H.
,
Asanitthong, P.
,
Buitrago, D. Luna
,
Erdol, M. N.
,
Gage, M. C.
,
Kadhum, M. Ali
,
Li, K. Yan Chloe
,
Long, M.
,
Michalak, A.
,
Pesala, A.
,
Pritazahra, A.
,
Saverimuttu, S. C. C.
,
Su, R.
,
Thurlow, K. E.
,
Lovering, R. C.
,
Logie, C.
,
Oliferenko, S.
,
Blake, J.
,
Christie, K.
,
Corbani, L.
,
Dolan, M. E.
,
Drabkin, H. J.
,
Hill, D. P.
,
Ni, L.
,
Sitnikov, D.
,
Smith, C.
,
Cuzick, A.
,
Seager, J.
,
Cooper, L.
,
Elser, J.
,
Jaiswal, P.
,
Gupta, P.
,
Jaiswal, P.
,
Naithani, S.
,
Lera-Ramirez, M.
,
Rutherford, K.
,
Wood, V.
,
De Pons, J. L.
,
Dwinell, M. R.
,
G Hayman, T.
,
Kaldunski, M. L.
,
Kwitek, A. E.
,
Laulederkind, S. J. F.
,
Tutaj, M. A.
,
Vedi, M.
,
Wang, S. - J.
,
D'Eustachio, P.
,
Aimo, L.
,
Axelsen, K.
,
Bridge, A.
,
Hyka-Nouspikel, N.
,
Morgat, A.
,
Aleksander, S. A.
,
J Cherry, M.
,
Engel, S. R.
,
Karra, K.
,
Miyasato, S. R.
,
Nash, R. S.
,
Skrzypek, M. S.
,
Weng, S.
,
Wong, E. D.
,
Bakker, E.
,
Berardini, T. Z.
,
Reiser, L.
,
Auchincloss, A.
,
Axelsen, K.
,
Argoud-Puy, G.
,
Blatter, M. - C.
,
Boutet, E.
,
Breuza, L.
,
Bridge, A.
,
Casals-Casas, C.
,
Coudert, E.
,
Estreicher, A.
,
Famiglietti, M. Livia
,
Feuermann, M.
,
Gos, A.
,
Gruaz-Gumowski, N.
,
Hulo, C.
,
Hyka-Nouspikel, N.
,
Jungo, F.
,
Le Mercier, P.
,
Lieberherr, D.
,
Masson, P.
,
Morgat, A.
,
Pedruzzi, I.
,
Pourcel, L.
,
Poux, S.
,
Rivoire, C.
,
Sundaram, S.
,
Bateman, A.
,
Bowler-Barnett, E.
,
Bye-A-Jee, H.
,
Denny, P.
,
Ignatchenko, A.
,
Ishtiaq, R.
,
Lock, A.
,
Lussi, Y.
,
Magrane, M.
,
Martin, M. J.
,
Orchard, S.
,
Raposo, P.
,
Speretta, E.
,
Tyagi, N.
,
Warner, K.
,
Zaru, R.
,
Diehl, A. D.
,
Lee, R.
,
Chan, J.
,
Diamantakis, S.
,
Raciti, D.
,
Zarowiecki, M.
,
Fisher, M.
,
James-Zorn, C.
,
Ponferrada, V.
,
Zorn, A.
,
Ramachandran, S.
,
Ruzicka, L.
, and
Westerfield, M.
,
“
The Gene Ontology knowledgebase in 2023.
”
,
Genetics
, vol. 224, no. 1, 2023.
S. A. Aleksander
,
Balhoff, J.
,
Carbon, S.
,
J Cherry, M.
,
Drabkin, H. J.
,
Ebert, D.
,
Feuermann, M.
,
Gaudet, P.
,
Harris, N. L.
,
Hill, D. P.
,
Lee, R.
,
Mi, H.
,
Moxon, S.
,
Mungall, C. J.
,
Muruganugan, A.
,
Mushayahama, T.
,
Sternberg, P. W.
,
Thomas, P. D.
,
Van Auken, K.
,
Ramsey, J.
,
Siegele, D. A.
,
Chisholm, R. L.
,
Fey, P.
,
Aspromonte, M. Cristina
,
Nugnes, M. Victoria
,
Quaglia, F.
,
Tosatto, S.
,
Giglio, M.
,
Nadendla, S.
,
Antonazzo, G.
,
Attrill, H.
,
Santos, G. Dos
,
Marygold, S.
,
Strelets, V.
,
Tabone, C. J.
,
Thurmond, J.
,
Zhou, P.
,
Ahmed, S. H.
,
Asanitthong, P.
,
Buitrago, D. Luna
,
Erdol, M. N.
,
Gage, M. C.
,
Kadhum, M. Ali
,
Li, K. Yan Chloe
,
Long, M.
,
Michalak, A.
,
Pesala, A.
,
Pritazahra, A.
,
Saverimuttu, S. C. C.
,
Su, R.
,
Thurlow, K. E.
,
Lovering, R. C.
,
Logie, C.
,
Oliferenko, S.
,
Blake, J.
,
Christie, K.
,
Corbani, L.
,
Dolan, M. E.
,
Drabkin, H. J.
,
Hill, D. P.
,
Ni, L.
,
Sitnikov, D.
,
Smith, C.
,
Cuzick, A.
,
Seager, J.
,
Cooper, L.
,
Elser, J.
,
Jaiswal, P.
,
Gupta, P.
,
Jaiswal, P.
,
Naithani, S.
,
Lera-Ramirez, M.
,
Rutherford, K.
,
Wood, V.
,
De Pons, J. L.
,
Dwinell, M. R.
,
G Hayman, T.
,
Kaldunski, M. L.
,
Kwitek, A. E.
,
Laulederkind, S. J. F.
,
Tutaj, M. A.
,
Vedi, M.
,
Wang, S. - J.
,
D'Eustachio, P.
,
Aimo, L.
,
Axelsen, K.
,
Bridge, A.
,
Hyka-Nouspikel, N.
,
Morgat, A.
,
Aleksander, S. A.
,
J Cherry, M.
,
Engel, S. R.
,
Karra, K.
,
Miyasato, S. R.
,
Nash, R. S.
,
Skrzypek, M. S.
,
Weng, S.
,
Wong, E. D.
,
Bakker, E.
,
Berardini, T. Z.
,
Reiser, L.
,
Auchincloss, A.
,
Axelsen, K.
,
Argoud-Puy, G.
,
Blatter, M. - C.
,
Boutet, E.
,
Breuza, L.
,
Bridge, A.
,
Casals-Casas, C.
,
Coudert, E.
,
Estreicher, A.
,
Famiglietti, M. Livia
,
Feuermann, M.
,
Gos, A.
,
Gruaz-Gumowski, N.
,
Hulo, C.
,
Hyka-Nouspikel, N.
,
Jungo, F.
,
Le Mercier, P.
,
Lieberherr, D.
,
Masson, P.
,
Morgat, A.
,
Pedruzzi, I.
,
Pourcel, L.
,
Poux, S.
,
Rivoire, C.
,
Sundaram, S.
,
Bateman, A.
,
Bowler-Barnett, E.
,
Bye-A-Jee, H.
,
Denny, P.
,
Ignatchenko, A.
,
Ishtiaq, R.
,
Lock, A.
,
Lussi, Y.
,
Magrane, M.
,
Martin, M. J.
,
Orchard, S.
,
Raposo, P.
,
Speretta, E.
,
Tyagi, N.
,
Warner, K.
,
Zaru, R.
,
Diehl, A. D.
,
Lee, R.
,
Chan, J.
,
Diamantakis, S.
,
Raciti, D.
,
Zarowiecki, M.
,
Fisher, M.
,
James-Zorn, C.
,
Ponferrada, V.
,
Zorn, A.
,
Ramachandran, S.
,
Ruzicka, L.
, and
Westerfield, M.
,
“
The Gene Ontology knowledgebase in 2023.
”
,
Genetics
, vol. 224, no. 1, 2023.
A. E. Thessen
,
Cooper, L.
,
Swetnam, T. L.
,
Hegde, H.
,
Reese, J.
,
Elser, J.
, and
Jaiswal, P.
,
“
Using knowledge graphs to infer gene expression in plants
”
,
Frontiers in Artificial Intelligence
, vol. 6, p. 1201002, 2023.
2018
L. Harper
,
Campbell, J.
,
Cannon, E. K. S.
,
Jung, S.
,
Poelchau, M.
,
Walls, R.
,
Andorf, C.
,
Arnaud, E.
,
Berardini, T. Z.
,
Birkett, C.
,
Cannon, S.
,
Carson, J.
,
Condon, B.
,
Cooper, L.
,
Dunn, N.
,
Elsik, C. G.
,
Farmer, A.
,
Ficklin, S. P.
,
Grant, D.
,
Grau, E.
,
Herndon, N.
,
Hu, Z. - L.
,
Humann, J.
,
Jaiswal, P.
,
Jonquet, C.
,
Laporte, M. - A.
,
Larmande, P.
,
Lazo, G.
,
McCarthy, F.
,
Menda, N.
,
Mungall, C. J.
,
Munoz-Torres, M. C.
,
Naithani, S.
,
Nelson, R.
,
Nesdill, D.
,
Park, C.
,
Reecy, J.
,
Reiser, L.
,
Sanderson, L. - A.
,
Sen, T. Z.
,
Staton, M.
,
Subramaniam, S.
,
Tello-Ruiz, M. K.
,
Unda, V.
,
Unni, D.
,
Wang, L.
,
Ware, D.
,
Wegrzyn, J.
,
Williams, J.
,
Woodhouse, M.
,
Yu, J.
, and
Main, D.
,
“
AgBioData Consortium Recommendations for Sustainable Genomics and Genetics Databases for Agriculture
”
,
Database
, vol. 2018, no. 1, 2018.
I. Braun
,
Balhoff, J.
,
Berardini, T. Z.
,
Cooper, L. D.
,
Gkoutos, G.
,
Harper, L.
,
Huala, E.
,
Jaiswal, P.
,
Kazic, T.
,
Lapp, H.
,
Macklin, J. A.
,
Specht, C. D.
,
Vision, T. J.
,
Walls, R. L.
, and
Lawerence-Dill, C. J.
,
“
'Computable' phenotypes enable comparative and predictive phenomics among plant species across domains of life
”
, in
Application of Semantic Technologies in Biodiversity Science
, vol. 33,
A. E. Thessen
, Ed.
Berlin: OS Press/AKA Verlag, 2018, pp. 187-205.
L. Endara
,
Burleigh, G.
,
Cooper, L.
,
Jaiswal, P.
,
Laporte, M. - A.
, and
Cui, H.
,
“
A Natural Language Processing Pipeline to extract phenotypic data from formal taxonomic descriptions with a Focus on Flagellate Plants
”
, in
ICBO 2018
, Corvallis, OR, 2018.
A. Meier
,
Laporte, M. - A.
,
Elser, J.
,
Cooper, L.
,
Preece, J.
,
Jaiswal, P.
, and
Poelen, J.
,
“
OOPS: The Ontology of Plant Stress, A semi-automated standardization methodology
”
, in
ICBO 2018
, Corvallis, OR, 2018.
D. Trigkakis
,
Preece, J.
,
Meier, A.
,
Elser, J.
,
Kvilekval, K.
,
Fedorov, D.
,
Manjunath, B. S.
,
Jaiswal, P.
, and
Todorovic, S.
,
“
Planteome & BisQue: Automating Image Annotation with Ontologies using Deep-Learning Networks
”
, in
9th International Conference on Biological Ontology (ICBO 2018)
, Corvallis, OR, 2018.
L. Cooper
,
Meier, A.
,
Laporte, M. - A.
,
Elser, J. L.
,
Mungall, C.
,
Sinn, B. T.
,
Cavaliere, D.
,
Dunn, N. A.
,
Smith, B.
,
Qu, B.
,
Preece, J.
,
Zhang, E.
,
Todorovic, S.
,
Gkoutos, G.
,
Doonan, J.
,
Stevenson, D. W.
,
Arnaud, E.
, and
Jaiswal, P.
,
“
The Planteome database: an integrated resource for reference ontologies, plant genomics and phenomics
”
,
Nucleic Acids Research
, 2018.
L. Cooper
and
Jaiswal, P.
,
“
The Planteome Project- Reference Ontologies for Data Integration
”
. 2018.
2017
B. Qu
,
Kumar, P.
,
Zhang, E.
,
Jaiswal, P.
,
Cooper, L. D.
,
Elser, J.
, and
Zhang, Y.
,
“
Interactive design and visualization of N-ary relationships
”
, in
SIGGRAPH Asia 2017 Symposium on Visualization
, Bangkok, Thailand, 2017.
2016
A. Meier
,
Cooper, L.
,
Laporte, M. A. -
,
Elser, J.
, and
Jaiswal, P.
,
“
Annotating germplasm to Planteome reference ontologies
”
, in
ICBO-BioCreative 2016 Food, Nutrition, Health and Environment for the 9 Billion
, Corvallis, Oregon, USA, 2016.
M. - A. Laporte
,
Valette, Léo
,
Cooper, L.
,
Mungall, C.
,
Meier, A.
,
Jaiswal, P.
, and
Arnaud, E.
,
“
Comparison of ontology mapping techniques to map plant trait ontologies
”
, in
ICBO-BioCreative 2016 Food, Nutrition, Health and Environment for the 9 Billion
, Corvallis, Oregon, USA, 2016.
L. D. Cooper
and
Jaiswal, P.
,
“
The Plant Ontology: A Tool for Plant Genomics
”
, in
Plant Bioinformatics: Methods and Protocols
, vol. 1374,
D. Edwards
, Ed.
2016.
P. Jaiswal
,
Cooper, L.
,
Elser, J.
,
Meier, A.
, and
et al,
“
Planteome: A Resource for Common Reference Ontologies and Applications for Plant Biology
”
. 2016.
B. Qu
,
Diefenbaugh, J.
,
Elser, J.
,
Carbon, S.
,
Mungall, C.
,
Zhang, E.
, and
Jaiswal, P.
,
“
Planteome Gene Annotation Enrichment Analysis
”
, in
ICBO-BioCreative 2016 Food, Nutrition, Health and Environment for the 9 Billion
, Corvallis, Oregon, USA, 2016.
L. Cooper
,
Meier, A.
,
Elser, J. L.
,
Laporte, M. - A.
,
Preece, J.
,
Carbon, S.
,
Xu, X.
,
Kitchen, R. S.
,
Qu, B.
,
Zhang, E.
,
Todorovic, S.
,
Smith, B.
,
Gkoutos, G.
,
Doonan, J.
,
Stevenson, D. W.
,
Arnaud, E.
,
Mungall, C.
, and
Jaiswal, P.
,
“
The Planteome Project
”
, in
ICBO-BioCreative 2016 Food, Nutrition, Health and Environment for the 9 Billion
, Corvallis, OR, 2016.
2015
A. E. Thessen
,
Bunker, D. E.
,
Buttigieg, P. L.
,
Cooper, L. D.
,
Dahdul, W. M.
,
Domisch, S.
,
Franz, N. M.
,
Jaiswal, P.
,
Lawrence-Dill, C. J.
,
Midford, P. E.
,
Mungall, C. J.
,
Ramírez, M. J.
,
Specht, C. D.
,
Vogt, L.
,
Vos, R. A.
,
Walls, R. L.
,
White, J. W.
,
Zhang, G.
,
Deans, A. R.
,
Huala, E.
,
Lewis, S. E.
, and
Mabee, P. M.
,
“
Emerging semantics to link phenotype and environment
”
,
PeerJ
, vol. 3, no. e1470, 2015.
A. R. Deans
,
Lewis, S. E.
,
Huala, E.
,
Anzaldo, S. S.
,
Ashburner, M.
,
Balhoff, J. P.
,
Blackburn, D. C.
,
Blake, J. A.
,
Burleigh, G. J.
,
Chanet, B.
,
Cooper, L. D.
,
Courtot, M.
,
Csösz, S.
,
Cui, H.
,
Dahdul, W.
,
Das, S.
,
Dececchi, A. T.
,
Dettai, A.
,
Diogo, R.
,
Druzinsky, R. E.
,
Dumontier, M.
,
Franz, N. M.
,
Friedrich, F.
,
Gkoutos, G. V.
,
Haendel, M.
,
Harmon, L. J.
,
Hayamizu, T. F.
,
He, Y.
,
Hines, H. M.
,
Ibrahim, N.
,
Jackson, L. M.
,
Jaiswal, P.
,
James-Zorn, C.
,
Köhler, S.
,
Lecointre, G.
,
Lapp, H.
,
Lawrence, C. J.
,
Le Novère, N.
,
Lundberg, J. G.
,
Macklin, J.
,
Mast, A. R.
,
Midford, P. E.
,
Mikó, I.
,
Mungall, C. J.
,
Oellrich, A.
,
Osumi-Sutherland, D.
,
Parkinson, H.
,
Ramírez, M. J.
,
Richter, S.
,
Robinson, P. N.
,
Ruttenberg, A.
,
Schulz, K. S.
,
Segerdell, E.
,
Seltmann, K. C.
,
Sharkey, M. J.
,
Smith, A. D.
,
Smith, B.
,
Specht, C. D.
,
Squires, B. R.
,
Thacker, R. W.
,
Thessen, A.
,
Fernandez-Triana, J.
,
Vihinen, M.
,
Vize, P. D.
,
Vogt, L.
,
Wall, C. E.
,
Walls, R. L.
,
Westerfeld, M.
,
Wharton, R. A.
,
Wirkner, C. S.
,
Woolley, J. B.
,
Yoder, M. J.
,
Zorn, A. M.
, and
Mabee, P.
,
“
Finding Our Way through Phenotypes
”
,
PLoS Biol
, vol. 13, p. e1002033, 2015.
S. Lennon
,
Cooper, L.
,
Jaiswal, P.
,
Ougham, H.
, and
Stevenson, D. W.
,
“
New Phytologist and the Plant Ontology: Working Together to Enhance Journal Content
”
. 2015.
A. Oellrich
,
Walls, R. L.
,
Cannon, E. K. S.
,
Cannon, S. B.
,
Cooper, L.
,
Gardiner, J.
,
Gkoutos, G. V.
,
Harper, L.
,
He, M.
,
Hoehndorf, R.
,
Jaiswal, P.
,
Kalberer, S. R.
,
Lloyd, J. P.
,
Meinke, D.
,
Menda, N.
,
Moore, L.
,
Nelson, R. T.
,
Pujar, A.
,
Lawrence, C. J.
, and
Huala, E.
,
“
An ontology approach to comparative phenomics in plants.
”
,
Plant methods
, vol. 11, p. 10, 2015.
L. Cooper
,
“
Planteome Overview- DivSeek 2015
”
. 2015.
2014
N. Lingutla
,
Preece, J.
,
Todorovic, S.
,
Cooper, L.
,
Moore, L.
, and
Jaiswal, P.
,
“
AISO: Annotation of Image Segments with Ontologies
”
,
Journal of Biomedical Semantics
, vol. 5, p. 50, 2014.
L. Cooper
,
“
Common Reference Ontologies for Plant Biology (cROP): A Platform for Integrative Plant Genomics
”
. San Diego, CA, 2014.
P. Jaiswal
,
“
Plant Environmental Condition Ontology (EO)
”
. Phenotype Research Coordination Network, Biosphere2, Tucson, AZ, 2014.
Pages
1
2
3
next ›
last »